《來自新世界》的舞台是一千年後的日本，那個時代的人類，擁有被稱為「咒力」的念動力，並成為了社會的基礎。故事是由五個少年少女們，從學習「咒力」的 12 歲開始的。獲得了被稱為咒力的，這種「神的力量」的人類，以及擁有不遜於人類智慧的異族「鼠妖」，以及經過更加扭曲的進化而生成的異形怪物。由各種各樣的勢力與思想組成難以預料的故事情節，由主角們 12 歲、14 歲、以及 26 歲時的樣貌形成的三部曲，所展開的壯大的故事。